التمهید فی علوم القرآن این كتاب در موضوع علوم قرآن و در شش مجلد به رشته تحریر درآمده است. جلد اوّل علاوه بر مقدمه، شامل دو بخش و هر كدام دارای دو فصل میباشد. استاد بخش اوّل را با نام «الوحی و القرآن» به دو فصل پدیدهٔ وحی و نزول قرآن اختصاص دادهاند. ایشان در بخش دوم با نام «تاریخ القرآن» در ضمن دو فصل، به بررسی دوران جمعآوری قرآن و توحید مصاحف پرداختهاند. جلد دوم كتاب نیز در دو بخش تنظیم شده و در آن موضوع «قراءات» و «نسخ» بررسی شده است. جلد سوم این اثر ارزشمند به موضوع «محكم و متشابه» اختصاص یافته و آیات متشابه در این جلد بررسی و تأویل صحیح آنها از نگاه معظمله ذكر شده است. در جلد چهارم بحث اعجاز قرآن مطرح شده و به مباحثی همچون واژهشناسی اعجاز، سه اعجاز قرآن، آراء و نظرات دانشمندان مسلمان در مورد اعجاز قرآن، نقد و بررسی قول به صرفه، اعتراف بزرگان ادبی اعراب مشرك معاصر پیامبر به عظمت بیانی قرآن، و مقایسهای عالمانه میان برخی از زیباترین مكتوبات و اشعار عربی و قرآن پرداخته شده است.حضرت استاد، در جلد پنجم التمهید و در تعقیب بحث اعجاز، به اعجاز بیانی قرآن میپردازند و عمده نظریات دانشمندان و مؤلفان جهان اسلام در موضوع اعجاز بیانی را همراه با ذكر شواهد قرآنی و توضیح تفصیلی عناصر مؤثر در اعجاز بیانی توضیح میدهند. استاد معرفت در بخش پایانی این مجلد از دو جهت(اجمالی و تفصیلی) فصاحت قرآن رابررسی و توضیحاتی ارزشمند در این زمینه بیان داشتهاند. استاد در جلد ششم التمهید، به اعجاز علمی و اعجاز تشریعی میپردازند. استاد معرفت در جلد اوّل و پس از بیان مقدمهٔ مفیدی در مورد سیر تطور و تحولات رشتهٔ علوم قرآنی به اهمیت و ضرورت این علم و دواعی معظمله از پرداختن به این موضوع اشاره میكنند و پس از آن در بخش اوّل به بررسی پدیدهٔ وحی پرداختهاند. ایشان «وحی» را القایی از بیرون همراه با خفا و سرعت دانسته و «وحی رسالی» را نوع چهارمی از انواع وحی میشمرند. معظمله امكان اتصال انسان با عالم بالا را مربوط به بُعد روحی انسان ارزیابی كرده و به شبهات مطرح شده در این خصوص پاسخ دادند. قسمت دیگری از این فصل به گونههای مختلفِ وحی رسالی اختصاص یافته و مؤلف محقق در دفاع از عدم شبهه و تردید پیامبر اكرم(ص) در تلقی وحی،به اسطوره «غرانیق» و «قصه ورقه بن نوفل» را مورد نقد قرار داده مردود مینماید. استاد معرفت در مورد نزول قرآن و پس از ذكر مباحث مختلفی در مورد آغاز نزول وحی، به اولین و آخرین آیات و سورههای نازل شده به موضوع نزول قرآن در شب قدر اشاره و با ذكر پنج قول در مسأله اعلام میدارند كه بهترین راهحل میان آیاتی كه نزول قرآن را در شب قدر میداند و آیاتی كه نزول آن را در طول20 سال میشمرد، آن است كه آغاز نزول قرآن در شب قدر بود، و این آغاز سه سال پس از بعثت پیامبر اكرم(ص) و به دنبال پدیدهٔ فترت وحی اتفاق افتاده است. البته در طول سه سال مزبور آیاتی نازل شده لیكن عنوان قرآنی نداشته است. ایشان در بحث مكی و مدنی اعتقاد دارند كه علیرغم امكان وجود آیاتی از سورههای مكی در سورههای مدنی و بالعكس اما در واقع دلیلی متقن و معتبر بر این نوع از جابهجاییها وجود ندارد. به نظر حضرت استاد نظم موجود در مصاحف در زمان عثمان و هنگام توحید مصاحف در سال25 هجری قمری اتفاق افتاده است.ایشان بهترین جدول در ترتیب نزول سورهها را جدول عبدالله بن عباس دانسته كه با جدول شاگردش جابربن زید تكمیل میگردد. حضرت آیت اللّه معرفت در بحث توحید مصاحف با بیان این معنا كه توحید مصاحف عثمانی به طور عمده توسط یاران و علاقهمندان امیرالمؤمنین علی(ع) شكل گرفته، نقش «اُبیبن كعب» را در املاء مصاحف عثمانی برجسته دانسته و عمل توحید مصاحف را مورد توافق قاطبهٔ صحابه و از جمله مولای متقیان(ع) میداند. ایشان معتقدند لُجنهٔ توحید مصاحف از وظیفهٔ مقابله نسخههای نوشته شده به خوبی بیرون نیامد و بههمین جهت خطاهای املایی و بلكه تناقضات نوشتاری در این نسخهها بروز كرد. ایشان بر نقش پررنگ شیعه در مراحل تكمیلی كتابت مصاحف از جمله اعرابگذاری و نقطهگذاری حروف معجم آیات تاكید مینمایند. در جلد دوم و بحث قراءات، موضوع تواتر قراءات هفتگانه را به پیامبر اكرم(ص) نفی میكنند و معتقدند عوامل اختلاف قراءات ریشه در وضعیت خط و نقص كتابت و اجتهاد قاریان داشته و هیچ قرائتی ـبه جز قراءت حفص از عاصمـ نقل متواتر از پیامبر اكرم(ص) ندارد. از نظر ایشان تنها قراءت صحیح و قابل اعتنا همین قراءت است،به این دلیل كه عاصم نمایاننده سبك جمهور بوده است. معظمله در مورد حدیث رسیده از پیامبر اكرم(ص) در خصوص نزول قرآن بر هفت حرف نیز اعتقاد دارند كه مراد از «حرف»، همان «لهجهها» میباشد و مراد از هفت نیز بیان كثرت است، پس با هر لهجهای میتوان قرآن را خواند. هر چند در صورت امكان سعی بر اصلاح لهجه به لهجههای عربی مشهور سزاوارتر است. بخش دوم این جلد به موضوع ناسخ و منسوخ اختصاص دارد. استاد معرفت ضمن توضیح مفهوم این واژه و تفاوتش با تخصیص و توضیح اینكه این اصطلاح در آغاز شامل تقیید و تخصیص نیز میشد، به شروط پنجگانهٔ نسخ و به آیات مورد ادعای قائلانِ نسخ اشاره و در مورد هر كدام به داوری میپردازند. استاد معرفت در جلد سوم به موضوع محكم و متشابه در قرآن میپردازند، ایشان متشابه را به معنای «تماثل» و همانندی معانی یك واژه میدانند، بهگونهای كه حق و باطل آنها مشتبه شود. و معتقدند تشابه امری نسبی نبوده و با وضعیت ویژهٔ آیات ارتباط دارد بهگونهای كه برخی از آیات نوعاً عامل بروز شبهه میشوند.و علت وجود تشابه در قرآن را ذكر معانی بلند و ماورای طبیعی در قالب الفاظ قابل فهم عرب جاهلی میدانند. استاد معرفت در موضوع «تأویل» به بررسی نسبت این واژه با تفسیر پرداخته و نسبت آنها را عموم و خصوص مطلق ارزیابی مینمایند.ایشان معتقدند تأویل چهار معنا دارد كه سه معنای آن از آیات استفاده میشود،اما معنای چهارم تأویل در بیانات معصومان(ع) آمده و آن عبارت از تطبیق و جری است. سپس به ذكر آیات متشابه و تاویل صحیح هر كدام میپردازند. استاد معرفت در جلد چهارم التمهید ـ كه به فرزند شهیدشان «علی معرفت» هدیه نمودند، در مقدمه گوشهای از زندگی نورانی آن شهید سعید را ذكر مینمایند ـ به بحث اعجاز پرداخته مفهوم اعجاز، مراحل تحدی، ابعاد اعجاز قرآنی و مباحث دیگری را ذكر و قول به «صرفه» را كه در كلمات برخی از بزرگان آمده، نقد و ارزیابی میكنند؛ ایشان اعتقاد دارند قول به «صرفه» میتواند معنای صحیحی داشته باشد و مراد آن باشد كه آنقدر این كتاب در ادب و فصاحت و دیگر ابعاد اعجاز برتری یافته كه انسانها عاجز از همآوردی با آن شده و منصرف از تلاش در این زمینه شدهاند؛ و یا آنكه اصولاً در طاقت انسانها نیست كه علومی را تحصیل كنند كه بتوانند متنی نظیر قرآن بیاورند. ایشان به مهمترین جملات و اشعار عرب اشاره و میان برخی از آنها با آیات قرآن مقایسه كرده و برتریهای غیر قابل انكار آیات را بر هر یك از آنها متذكر میشوند. در جلد پنجم به بیان ابعاد اعجاز بیانی در حوزهٔ نظم و چینش عجیب قرآن پرداخته و همگام با برخی از اصحابِ فنون بلاغی و قراءات، بر آهنگ درونی كلمات و آیات قرآنی و نیز تصویر سازیهای زندهٔ قرآن به عنوان جلوههایی از اعجاز بیانی قرآن تأكید مینمایند. در جلد ششم التمهید به موضوع «اعجاز علمی» و اعجاز تشریعی قرآن پرداختهاند. معظمله معتقدند: ادعای اشتمال قرآن بر همه علوم، بیدلیل و افراطی است. قرآن به دلیل آنكه از ناحیهٔ خدایی كه اسرار آسمانها و زمین را میداند، نازل شده، به مناسبت، اشاراتی به اسرار طبیعت و هستی كرده است. این اشارات برای اشخاصی كه جویای حقیقت باشند ثابت میكند كه این كتاب محصول فكر پیامبراكرم(ص) و حتی گروهی از همفكران او نیست. وی آنگاه به جلوههایی از اسرار طبیعت در آیات قرآن اشاره میكند. و در بخش اعجاز تشریعی به مقایسهای محققانه میان عقیدهٔ اسطورهای یونان و تورات و قوانین روم از یك طرف و محتوای تشریعی قرآن میپردازد و عظمتهای غیرقابل انكار قرآن را در حوزهٔ تشریع مشخص مینماید.مجموعه «التمهید فی علوم القرآن»با آخرین اصلاحات مؤلف مراحل نهایی قبل از چاپ را میگذراند و به زودی با شكلی تازه در اختیار جامعه علمی قرار خواهد گرفت.